„Otcem zakladatelem“ byl známý Vojta Náprstek, původním jménem Adalbert Fingerhut. Pocházel z pražské středostavovské rodiny - jeho otec byl majitelem prosperujícího pivovaru a lihovaru v domě U Halánků (zde dnes muzeum sídlí).
Studia práv ve Vídní Vojta nedokončil, protože se zapojil do revolučního dění v roce 1848 a musel na dalších deset let uprchnout do USA. V emigraci nejen podporoval české krajany, ale hlavně započal etnografickou sbírku, která je základem dnešního muzea. Zúčastnil se i vládní expedice zkoumající indiánské kmeny, zejména Dakoty, od nichž přivezl první exponáty.
Muzeum původně průmyslové
Muzeum původně neslo název České průmyslové muzeum a o jeho založení se Vojta Náprstek snažil od roku 1862, ale teprve dědictví po matce mu dovolilo sen realizovat. A tak v roce 1874 otevřel v Praze poprvé své soukromé muzeum, které se zaměřovalo jak na novinky ze světa techniky, tak i na didaktické pomůcky pro školy a kuriozity, jež Náprstek získal od českých cestovatelů.
Další rozvoj muzea
Když stará budova pivovaru a vinopalny přestala postačovat výstavním a depozitním potřebám, nechal Náprstek přistavět na svoji dobu velmi moderní muzejní budovu. Muzeu také Náprstek odkázal své sbírky i knihovnu (obsahující 46 000 svazků) a další dokumenty (mj. na 18 000 fotografií). Položil tak základ nejvýznamnějšího českého etnografického muzea, nyní důležité pobočky Národního muzea.