Harmonogram prací je rozdělen do jednotlivých etap. Do 2. 1. 2018 budou veškeré práce ve stanici přerušeny a obě koleje budou v provozu pro cestující bez omezení. Po dobu této přestávky bude ve stanici zřízen pouze menší zábor pro zařízení stavby.

Od 3. 1. 2018 do 20. 5. 2018 bude realizována 2. etapa výstavby, spočívající v rekonstrukci nástupiště u 2. koleje. Pro tuto část rekonstrukce bude uzavřeno nástupiště u 2. koleje a vlaky ve směru Nemocnice Motol budou stanicí pouze projíždět. V této etapě budou provedeny zejména sanační a injektážní práce na ostění, rekonstrukce odvodňovacího systému a obnova obkladů a podhledů na nástupišti. Zároveň bude zrekonstruováno osvětlení a slaboproudé rozvody na nástupišti.

Poté bude následovat 3. etapa, která proběhne za provozu obou kolejí, a to v termínu 21. 5. 2018 až 24. 8. 2018. Tato etapa bude věnována pracím ve středním staničním tunelu, přičemž práce budou probíhat pouze v noční přepravní výluce a nebudou znamenat výrazné omezení komfortu pro cestující.

„Jsem rád, že se DPP daří plnit plán rekonstrukcí stanic metra. Pokračujeme v pracích ve stanici Muzeum A dle stanoveného harmonogramu, rekonstrukce této stanice by měla být celkově dokončena v září 2018,“ říká Martin Gillar, generální ředitel a předseda představenstva DPP s tím, že je počítáno s celkovými investičními náklady na tuto rekonstrukci ve výši 120 mil. Kč.