Zemí začaly otřásat drobné konflikty, objevovalo se stále více loupeživých rytířů a nic nepomáhalo, když nechal Václav věšet celé tlupy loupežníků. Uvolněné mravy, nabubřelost církve, to vše bylo živnou půdou pro kazatele, kteří na rozpad společnosti a řádu upozorňovali. Do Prahy přišlo i dílo Johna Wyclifa, který navrhoval církevní reformu. Jeho dílo našlo na pražské univerzitě řadu příznivců - Jakoubka ze Stříbra, Jana z Jesenice, Křišťana z Prachatic a Jana Husa. Reformovat církev i celou společnost, tak aby byla blíže křesťanské skromnosti , to bylo jejich cílem. Kazatelé nalézali oporu především v české části společnosti a na Husova kázaní chodilo stále více lidí. Příznivcem Jana Husa byla i královna Žofie, ale část královského dvora. Husovým kázáním naslouchal i Jan Žižka, tehdy ještě člen ostrahy králova sídla na Starém Městě.
Reforma přichází
Reformní část obyvatel, převážně česká, postupně nabývala vrchu a v roce 1408 pod tlakem těchto sil jmenoval Václav IV. nové staroměstské konšely. Bylo to poprvé, kdy měli v městské radě převahu čeští měšťané. O jmenování hovořil král jak s význačnými šlechtici, kteří také považovali za nutné reformovat církev i společnost, tak i s kazateli a učenci, mimo jiné i s Jeronýmem Pražským a Janem Husem. Náklonnost k reformám, kterou Václav IV. projevoval, trochu ochladla v okamžiku, kdy byl císařem římským zvolen druhý syn Karla IV. uherský král Zikmund Lucemburský. Bylo to o to bolestnější, že Zikmund Václavovi slíbil pomoc při získání císařské koruny.
Studenti z university, kterou už definitivně na dlouhou dobu obsadilo proreformní křídlo, popudili krále tím, že pálili napodobeniny papežských listin a král nakonec změnil své rozhodnutí a jmenoval staroměstskou radu, kde opět hráli naprostý prim Němci. Ti si navíc vymohli na králi desetileté odpuštění daní a navíc se král musel vzdát práva jmenovat konšely. Další zdánlivou výhodou bylo privilegium velmi zvláštní a to že se od staroměstského soudu už nelze odvolat k soudu vyšší instance, tedy královskému. Když pak Němci nechali popravit dva české konšely což byla nejen odplata za jejich působení v radě od roku 1408, ale také za dekret kutnohorský, kterým se upřednostnilo české plémě na pražské univerzitě, Václav opět změnil názor a jmenoval novou radu, která zůstala u moci až do roku 1420, přežila tedy královu smrt. Česká staroměstská rada pak napomohla šíření husitských myšlenek i do jiných královských měst.
Jan Hus se roku 1414 rozhodl, že pojede do Kostnice obhájit své reformní názory na koncil. Tam byl ale jako kacíř zatčen a po soudu i upálen 6. července 1415. O rok později byl upálen i Jeroným Pražský. To vyvolalo velkou nevoli a česká šlechta zaslala do Kostnice protestní list, který nesl pečeti 452 šlechticů. V pražských kostelích se začalo přijímat podobojí, tedy krev i tělo Páně, ti kněží, kteří odmítali takovou bohoslužbu sloužit, byli vyhnáni.
V roce 1417 vydala pražská univerzita deklaraci, v níž schválila přijímání pod obojí jako pravověrné a odpovídající Kristovu zákonu. Papež Martin V. univerzitu svým listem zbavil jejích práv. Zanikla teologická a právnická fakulta, byla přerušena činnost fakulty lékařské, učilo se jen na fakultě artistické.
Defenestrace
Václav IV. pod nátlakem svého bratra, který hrozil vojenskou silou a také pod nátlakem papeže svolil v roce 1419 k návratu katolických kněží, ale na druhé straně svolil, aby tři kostely stále měli v držení husité. Nově jmenovaní novoměstští konšelé, příznivci katolictví, nechali v jakémsi nadšení uvěznit několik husitských radikálů, ale kazatel Jan Želivský se svými přívrženci vtrhl do radnice a vyházel konšely z oken. Praha s výjimkou Vyšehradu se stala husitským městem. Noví konšelé na novoměstské radnici byli už zvoleni a krátce nato 16. srpna 1419 zemřel i Václav IV. na svém Nové hradě u Kunratic.
Podle tradice se měl ujmout trůnu jeho bratr císař Zikmund. Ale své vlády se ujal až po bratrovražedném boji Čechů u Lipan v roce1434. Husité, jak šlechta tak rady pražských měst, po císaři požadovali, aby povolil příjímání pod obojí, souhlasil se záborem církevního majetku, vyloučil kněží ze světských úřadů, nepřipouštěl cizince do funkcí, obnovil práva univerzity, ale také žádali, aby se soudní řízení vedla česky a města, kde žije česká většina aby měla také rady, kde pracuje většina českých konšelů. Zikmund odmítl a sáhl ke zbrani a vytáhl na Prahu. Už tehdy věděl, že ten, kdo má v držení Prahu ovládá celé Čechy. V roce 1420 svedl hned dvě bitvy, které prohrál. Poprvé přitáhl s obrovským vojskem, které podle některých historických pramenů čítalo až 145 tisíc mužů. Proti němu stáli Pražané a táborité, které vedl Jan Žižka. Zikmund se nechal ve svatovítské katedrále na Pražském hradě, který vojensky na krátký čas ovládl, korunovat na českého krále, pak po prohrané bitvě město opustil. Vrátil se ještě s některými moravskými šlechtici na podzim, kdy chtěl pomoci dalšímu ostrůvku, který mu zůstal věrný ? Vyšehradu. V řeži na Pankrácké pláni jeho vojsko podlehlo, zahynuli i někteří šlechtici.
Vnitřní boje
Umírnění husité hledali nového krále, radikální po cizí nadvládě netoužili. Evropa vysílala proti husitům jednu výpravu za druhou a ty končily vždy porážkou. Trvaly ale rozbroje mezi husity a to dlouhá léta, část konzervativních kališníků se dokonce spojila s katolíky, ale v roce 1424 je Žižka porazil v bitvě u Malešova. Žižka toužil Čechy sjednotit, ale nepodařilo se mu to. Zemřel na sklonku roku 1424. O deset let později vyústily spory mezi jednotlivými proudy husitského hnutí bitvou u Lipan. Na jedné straně stála vojska sirotčí (ty, které před smrtí vedl Jan Žižka) a táborská, na straně druhé husitsko katolická aliance, kde bojovaly i oddíly ze Starého a Nového Města. Po vítězné bitvě vedli konzervativní husité úspěšné diplomatické rozhovory s císařem Zikmundem. Ten připustil přijímání pod obojí, souhlasil s posílením významu českého jazyka, nepřipustil jmenování cizinců do úřadů. Navíc si trochu vypočítaví měšťané pražští vymohli listinu, podle níž nemusí přijímat zpět osoby, které v dobách revoluce emigrovaly. Zikmund vjel do Prahy 23. srpna 1436, o půl roku později byla korunována jeho žena Barbora císařovnou v katedrále sv. Víta a 12. dubna 1437 byl dokonce vyhlášen smír s církví římskou. V prosinci 1437 Zikmund zemřel.
Po jeho smrti nastalo bezvládí, přerušované snahami šlechty zvolit krále, který by vydržel alespoň do švestek. Praze tento stav moc neprospěl. U moci byli konzervativní kališníci a Praha žila dlouhou dobu pod nadvládou Pešíka z Kunvaldu a Pavla Detřichovice, kteří ale na druhé straně příliš nezasahovali do života města a spíš se starali o své záležitosti.
V roce 1448 vstoupil do hry Jiří z Poděbrad a Kunštátu. Bohatý kališnický šlechtic se na deset let stal zemským správcem. Po smrti krále Ladislava Pohrobka, který po tříletém panování náhle zemřel, byl českým králem zvolen Jiří z Poděbrad. Sněm, na němž se volba konala, se odehrával na Staroměstské radnici. Jiří z Poděbrad se stal českým králem na svou dobu tím nejdemokratičtějším způsobem, bez ohledu na to, zda je dědičný panovník spojený s řadou jiných rodů.
Panoval v Čechách do své smrti v roce 1471 a jeho vláda stabilizovala situaci. Husitské heslo Pravda vítězí se stalo i heslem Jiřího z Poděbrad a dostalo se i na prezidentskou standartu po vzniku Československa v roce 1918. Husitská Praha byla zahleděna do panovníka a postavila mu za jeho života hned dva pomníky. Jeden - jezdecká socha s heslem Pravda vítězí nechal Jan Rokycana pražský arcibiskup instalovat v Týnském chrámu, druhá socha snad také jezdecká, která se nedochovala, se prý nacházela na Karlově mostě v místech, kde je dnes Pieta. Praha husitskými válkami utrpěla, stejně jako například univerzita, které sice papež nakonec potvrdil v roce 1447 její všekřesťanský charakter, ale když pak museli všichni učitelé od roku 1458 přísahat na podobojí, stala se více méně univerzitou druhého řádu, protože řada učitelů nemohla z konfesních důvodů v Praze působit. Celé husitství nenašlo příhodné spojení s okolní Evropou, které by vedlo rozvoji Čech. Proto se také říká, že se opožďovaly za ostatní Evropou ve vývoji. Faktem ovšem je, že husitství přineslo i jev dosud neznámý. Hluboké národní uvědomění, které Evropu teprve čekalo.