Po nástupu Habsburků na český trůn je měli v držení oni. Na rozdíl od uherské Svatoštěpánské koruny, která byla poškozena – kříž na koruně byl ohnut – ale zůstala bez poskvrny. Podle legendy prý ohnuli kříž na Svatoštěpánské koruně právě Habsburkové aby zlomili magickou sílu i odbojnost Maďarů. Česká Svatováclavská koruna byla uložena ve Vídni a vrátila se (kromě výjimečných okamžiků korunovací do Praha v roce 1868.
Po té korunovační klenoty spatřily světlo světa jen výjimečně, a to například jen v okamžiku, kdy byly v roce 1911 fotografovány. Ani za první republiky se klenoty nestaly předmětem k vystavení. K velkým přesunům došlo v době těsně před II. světovou válkou a během ní.
Dne 19. listopadu 1941 si klenoty prohlédl i zastupující
říšský protektor Reinhard Tristan Eugen Heidrich, kterého
čeští parašutisté zbavili života o půlrok později . Říká se, že
ten, kdo si neprávem vloží českou korunu na hlavu zemře. Je to
sice hezká legenda, ale prokazatelně ji Heydrich na hlavě
neměl,
řekl Jan Boněk, který je spolu se svým synem Tomášem
Boňkem autorem knihy České korunovační klenoty.
Nicméně Heydrich věděl, že fotografie, na níž si prohlíží
korunovační klenoty, jistě Čechům na národním sebevědomí
nepřidá. Pozoruhodný byl další osud korunovačních klenotů,
které byly nakonec zazděny na Pražském hradě a bez úhony
přežily konec války. Po ní v září 1945 prezident Edvard Beneš
rozhodl, že budou na konci října vystaveny. To se pak stalo
jakousi tradicí, byť ne pravidlem.
Svatováclavská koruna a další korunovační klenoty
promlouvají tajnými symboly ukrytými nejen v drahých kamenech,
ale například i v korunovačním řádu. I o nich hovoří v knize
České korunovační klenoty Tomáš Boněk.
Drahokamy byly na každé středověké koruně použity v jedinečné a nenapodobitelné kombinaci. Jejich spolupůsobením
byla ovšem vždy zajištěna plnost vzácných ctností. Ve čtyřech
barvách koruny lze tušit kardinální ctnosti: Moudrost,
spravedlnosti, statečnost a mírnost. A ty pak doplňují tři
ctnosti božské: Víru naději a lásku.