Prahu například obohatily budovy Národního technického (a zemědělského) muzea na Letné a dlouhodobě nejoblíbenější a také největší pražský obchodní dům Bílá labuť byl slavnostně otevřen 18. března 1939 takže tam němečtí vojáci s radostí utráceli říšské marky, které měly proti české koruně velmi výhodný kurs. S příjezdem Hitlera do Prahy 15. března 1939 jakoby skončil normální život města. Němci do něj ovšem zasáhli velmi citelně a to v okamžiku, kdy jejich úřady rozhodly, že se bude jezdit vpravo. Rechts Fahren – to byl nejčastější německý nápis té doby. O jízdě vpravo se ale v Čechách uvažovalo už v polovině 20. let, od kdy se také přechod na jízdu vpravo připravoval. Protože v Německu se už vpravo jezdilo, bylo toto opatření jen výrazem vtělení Čech do Říše.
Hned den po okupaci byl jmenován novým náměstkem primátora pražský zástupce nacistů J. Pfitzner, který byl ale de facto vůdcem Prahy. Primátor dr. Otakar Klapka sním musel konzultovat veškerá rozhodnutí a Pfitzner měl poslední slovo. Klapka byl v polovině roku 1940 zatčen gestapem a obviněn ze spolupráce s nepřáteli národa. O rok později pak byl popraven. Na místo primátora byl jmenován dr. A. Říha a Pfitzner začal likvidovat české úředníky na radnici a dosazovat na jejich místa Říši oddané Němce. Život města byl dále oklešťován a poněmčován, i žádosti na úřadech musely být vyřizovány německo česky. Stavovské divadlo už nehrálo česky, ale patřilo Němcům. I Rudolfinum, kde sídlil dříve československý parlament, skončilo v rukou Němců. Příslušníci SS tam měli dokonce svoji lóži, stejně jako říšský protektor.
Zdánlivý klid ovšem neznamenal, že se Pražané vzdali. Vznikla řada odbojových skupin, které se zabývaly například zpravodajskou činností, či organizováním útěků vlastenců. I když protektorátní vláda zakázala stávky, přesto se začalo v Praze stávkovat. Asi největší stávku prožily letecké závody Aero a Avia v srpnu 1940. Neklid byl cítit i jinde, stávka byla jednou z možností jak ukázat, že se Pražané nepodrobili. V roce 1941 stávkovali dělníci v loděnici Praga, pak opět v Avii a také v ČKD, připojila se Waltrovka, kde se vyráběly letecké motory.
Okupanti považovali Prahu za zázemí, kde mohl nerušeně pracovat válečný průmysl. Stávky a další protestní akce ale ukazovaly, že Češi příliš spolupracovat nebudou, a že potřebují pevnou ruku. Množily se totiž i sabotáže.
Na konci září 1941 vystřídal ve funkci protektora slabého a neschopného Konstantina von Neuratha neuvěřitelně bezcitný Reinhard Heydrich. Ten ihned vyhlásil „občanský výjimečný stav“ a potlačil všechny pokusy o odpor. To už na českém území pracovaly výsadky Silver A, Silver B a Antropoid. Jejich práce vyvrcholila atentátem na Heydricha 27. května 1942. Po smrti Heydricha v nemocnici 4. června následoval teror, zatčení 10.000 rukojmí a rozsáhlé popravy. Během necelých dvou měsíců bylo jen v Praze popraveno na 500 lidí. Vybíráni byli především příslušníci inteligence. Na popravišti či v koncentračních táborech tak skončili třeba i spisovatel Vladislav Vančura nebo literární teoretik Bedřich Václavek.
Následovalo vyvraždění Lidic a Ležáků. Němci se snažili udržet v Praze, a v Čechách vůbec, klid, protože Prahu potřebovali stále více kvůli válečné výrobě. Válka se začala lámat, mládež z Prahy byla odváděna na konci roku 1942 na nucené práce do Německa, ale i do podniků v Čechách, kde se vyrábělo pro potřeby války. I když v oficiálních zprávách nebylo dosud nic o tom, že se wehrmachtu nedaří, dalo se to vycítit z některých kroků německých úřadů.
Pozoruhodné je, že dodnes máme v Praze viditelný důkaz o tom, že se Němci připravovali nejen na bombardování, ale i na obranu Prahy. Na Argentinské dosud stojí provizorní hasičská stanice, která byla vytvořena spolu s dalšími pro případ likvidace požárů vzniklých při bombardování. Navíc právě v Holešovicích byly vytvořeny plochy jako seřadiště wehrmachtu. Bylo to proto, že právě tam bydlela řada důstojníků. Dodnes se říká této oblasti Malý Berlín a dobří znalci Berlína mohou potvrdit, že některé pohledy na Holešovice silně Berlín připomínají.
V roce 1944 už bylo jasné že Německo válku prohraje. Nicméně i odboj byl na konci svých sil a to jak komunistický tak nekomunistický. Němcům se podařilo rozbít ilegální vedení KSČ, které dlouhou dobu organizovalo některé akce odporu v Praze. I trojice statečných zpravodajských důstojníků Balabán – Mašín – Morávek už nemohla pomáhat. Všichni tři postupně zemřeli. Zbytky odbojových skupin čekaly na příležitost. Na sklonku roku 1944 se nad Prahou objevily formace spojeneckých bombardérů. Praha už téměř nežila, nehrála ani pražská divadla, protože podstatná část herců byla totálně nasazena.
S blížící se frontou Němci začali uvažovat o přetvoření Prahy v pevnost. Bylo naplánováno podminování mostů a velkých budov na pravém břehu řeky. Na konci dubna 1945 se v Praze uskutečnila ustavující schůze České národní rady, do jejíhož čela byl zvolen profesor Albert Pražák. Už 1. května začalo povstání v Přerově, 5. května povstala i Praha. Během několika hodin vzniklo asi 1600 barikád, kterébyly oporou nepříliš dobře vyzbrojeným povstalcům. V čele vojenského odporu stál generál Karel Kutlvašr (popravený za Gottwaldovy tyranie).
Do boje s německými okupanty se vrhli Pražané skutečně bez rozdílu svého politického přesvědčení. Do Prahy se stáhly i jednotky SS, došlo ke krvavým bojům, do nichž zasáhly i jednotky generála Vlasova, tedy Ruské osvobozenecké armády, při bombardování a ostřelování Prahy byly zničeny některé budovy. Asi největší tragedií byl zásah Staroměstské radnice, kde začal hořet orloj a byla zničena část historické budovy, která dodnes na náměstí chybí. Docházelo k popravám, což připomínají pamětní desky a pomníčky například na Pankráci, na Pražačce a na Masarykově nádraží.
České národní radě se nakonec díky statečnému odporu obránců Prah podařilo 8. května v 16 hodin podepsat protokol o kapitulaci s německým velením. Ráno 9. května kolem třetí hodiny se v Praze objevily tanky Rudé armády, která pomohla Prahu dočistit. V povstání padlo téměř dva tisíce obyvatel Prahy.
