O rok později svolal král opět zemskou hotovost, aby mohl válčit se saským kurfiřtem. Staré i Nové Město odmítlo králi poslušnost, přidali se i šlechtici, místo války se všichni sešli v Karolinu a požadovali po králi nejen zajištění náboženských svobod, ale například zákaz vývozu obilí, nárok na svolání sněmu, zrušení části celních poplatků apod. Jenže válka s kurfiřtem se vyvíjela ve prospěch krále, odboj se rychle rozpadl a opět největší díl viny byl přičten na vrub Praze. Primasové obou měst byli popraveni spolu s dvěma rytíři, zástupci šlechty. Do Prahy přišly v roce 1556 jezuité a události spěly dál, v roce 1567 zrušil král kompaktáta a ani další Habsburk na trůně - Maxmilián II. - se nekatolickým církvím příliš nezavděčil.
Situace byla o to složitější, že mezi kališníky rozhodně nepanovala jednota, dělili se na staroutrakvisty a novoutrakvisty (ti měli blíže k jednotě bratrské či augšpurskému vyznání) a král toho využíval. Protože měl Maxmilián problémy mimo českou zemi, přešel ve válkách o Uhry a hrozilo, že proti němu vyrazí sjednocená vojska Polska, Sedmihradska a Turecka, byl ochoten vyjít české šlechtě vstříc a podepsal v roce 1575 Českou konfesi. V ní slíbil, že nebude bránit nekatolíkům v jejich vyznání. Jak se situace pro krále uklidnila, zakázal Českou konfesi ve všech královských městech, tedy i v Praze, a město se tak vrátilo ke staroutrakvistickým farářům.
Povýšení před úpadkem
Rudolf II., který Prahu pozvedl na sídlení město císařství, nebyl nijak nadšeným příznivcem náboženských svobod. Rudolfův majestát, tedy vyrovnání mezi stranou podobojí a stranou podjednou neměl velkého významu, ji nepodepsal ani nejvyšší kancléř Zdeněk Vojtěch z Lobkovic a tlak katolíků sílil. Po smrti Rudolfa se na trůně roku 1617 objevil Ferdinand Štýrský. Někteří historikové označují tento rok za počátek 30leté války. V květnu 1618 se sešli v Karolinu protestantské stavy, kterým se znelíbil porušování Rudolfova majestátu Ferdinandem. Nejdříve chtěl sněm vyslat delegaci do Vídně k císaři, nakonec však po večerním jednání došli na Hrad. Z oken královského paláce pak byli vyhozeni dva ze čtyř královských místodržících Jaroslav Bořita z Martinic a Vilém Slavata z Chlumu a Košumberka a sekretář Fabricius. Defenestrovaní dopadli z výšky 16 metrů do odpadků a to jim zachránilo život. Dnes je místo dopadu součástí půvabné zahrady na Valech a událost připomínají tři pískovcové obelisky.
Volba Fridricha Falckého českým králem nebyla příliš šťastná. Už proto, že nevyhovoval všem, kteří se volny zúčastnili a navíc se ani neprojevil příliš kulturně. Vyčistil chrám sv. Víta od oltářů, obrazů a soch takovým způsobem, že to pražští katolíci pokládali za ohavnost a dokonce i nekatolíci se zhrozili takového zásahu, který nebyl tak hluboký ani v době husitské. Jenže Fridrich Falcký tíhnul ke kalvinismu, jenž byl velmi strohý. Tedy především ve víře. Jinak Pražané o králi tvrdili, že je to koketní frivolní hejsek. Pražanům rychle došlo že je nečeká konjunktura jako za doby Rudolfa II., ale spíše utrpění. Ani netušili že pravda bude ještě úděsnější. Chystala se válka, ale i když pražská města věnovala tři miliony tolarů v letech 1618 až 1620 právě na chod království. Peněz náhle nebylo nazbyt, zmizely totiž v kapsách šlechticů, žoldnéři, kteří měli bojovat za českého krále nedostávali výplaty pravidelně a to se nakonec projevilo i v jejich bojové morálce. Bitva na Bílé Hoře je dodnes symbolem národní katastrofy. Fridrich Falcký ještě před koncem bitvy uprchl. Pomsta byla strašná. Následovalo rabování Prahy, pak zatýkání a nakonec i poprava 27 českých pánů, z nichž 15 bylo pražských měšťanů. Následovaly konfiskace majetku, emigrace, případně vyhoštění. Konfiskace majetku vedla k úpadku většiny pražských a to i vlažně katolických měšťanů, protože se trestala i pouhá nečinnost, nemluvě o podpoře vzbouřenců. Zabaveno bylo na 400 pražských domů. Následovala také obrovská inflace, války vyčerpávaly zemi. Vše prospělo katolické církvi, která se stala jedinou oficiálně uznanou, a aktivním katolíkům a cizincům, kteří přišli do Čech získat zabavený majetek. Město navíc pustošily vpády různých armád, dvakrát do města vtrhli Švédové, jednou Sasové. Poslední vpád v roce 1648. Pražané se bránili velmi urputně, což jim vyneslo chválu panovníka, různá privilegia a dokonce prohlášení, že Pražané smazali svou krví skvrnu, která na jejich jméně lpěla po povstání z roku 1618. V erbu města se objevila ruka s mečem. Faktem ovšem je, že Pražané chránili především sami sebe, protože Švédové do Prahy netáhli proto, aby tu nastolili nějaký nový řád, ale proto, aby si užili kořisti. Ač „pohana“ z roku 1618 byla smyta krví, Praha si nijak zvlášť nepolepšila. Stala se provinčním městem rakouského mocnářství a zůstala jím až do roku 1918.
Rudolfova Praha
Císař Rudolf II. si zvolil Prahu za sídlení město a není proto divu, že se tak stala podobně jako v době Karla IV. centrem kultury, umění a věd. Za doby Rudolfa II. Se v v Praze začaly objevovat první barokní stavby z nejzajímavějších byl Císařský mlýn, který nechal jako své kratochvilní sídlo postavit Rudolf II. ve Stromovce. Jezírko a umělá jeskyně byla na svoudobe něco nevídaného. Bohužel mlýn byl postupně devastován a nezbylo z něj příliš. Další úctyhodná stavba vyjadřující úctu a obdiv je Rudolfova štola, , která spojuje Stromovku s Vltavou proti nábřeží na Františku. Ta napájela jezírko uprostřed Stromovky. Za doby Rudolfa II. dosáhla Praha i dalšího věhlasu. Podle dobových vedut v ní překročil počet věží kostelů a dalších staveb 150, takže přízvisko stověžatá, které dostala v 19. století, bylo oprávněné už v té době. Město v rudolfínské době navštěvovali vzdělanci z celé Evropy. V Praze byly hned dvě univerzity, utrakvistická a katolická. Vedoucí osobností, která řídila vědecký život na dvoře císaře byl do své smrti Tadeáš Hájek z Hájku, pak to byl Tycho Brahe, který nabídl spolupráci Johannu Keplerovi. Na dvůr císařův se dostal i matematik a astronom John Dee. Objevovaly se i povahy dobrodružné. Magistr Kelley, zkarikovaný ve filmu Císařův pekař, byl jednou z nich. Na 40 alchymistů položilo základy chemie.
Do Prahy se díky císaři sjížděli i umělci. Sochař Adriena Vries sloužil svému pánu stejně jako Guiseppe Arcimboldo pověstný svými portréty naskládanými z květin a plodů.
Rudolf II. proslul i jako sběratel, což bylo dokladem jeho renesančního zájmu o svět. Části jeho sbírek se dostaly až do Národního muzea, ale byly to zbytky skutečně žalostné. Následná třicetiletá válka a rabování v Praze zničila část sbírek, zkázu pak dokonal sám habsburský dvůr, který rozprodal v 18. a 19. století podstatnou část Rudolfovy pozůstalosti. Dnes se na mnohá díla z Rudolfových sbírek jezdíme dívat například do Drážďan, Berlína a jiných měst Evropy.