Základ dnešní obce Lipence vznikl v polovině 19. století spojením dvou historických obcí, obce Lipenec (včetně osady „pod Kyjovem“) a obce Lipany s panským hospodářským dvorem. Lipence leží větší částí území na nivě na pravém břehu Berounky v západní části nejjižnějšího výběžku Prahy.