Změna ve správě spojené Prahy dozrála v létě roku 1799, kdy českou metropoli zasáhl válečný konflikt, který trval v Evropě již sedm let. Ulicemi města plných deset dní pochodovaly pluky ruské západní armády táhnoucí proti Napoleonovi. V zimě 1799–1800 se pak Rusové vraceli do vlasti a jejich štáb v čele s generalissimem Suvorovem se na řadu týdnů ubytoval v Praze. Síla ruských vojsk a příbuznost jejich řeči s češtinou vyvolaly mezi českými vlastenci vlnu živelného rusofilství a panslavistických iluzí o budoucí velké úloze Slovanstva. Pro magistrát znamenal však pobyt Rusů především starost o jejich ubytování a zásobování v době, kdy město samo mělo značné vyživovací problémy. Dosavadní purkmistr Ondřej Steiner byl za této situace na své opakované prosby po jedenáctileté službě uvolněn z úřadu a zimní zásobování spojenců organizoval již nově obsazený pražský magistrát.
Do jeho čela byl jmenován Jan Jindřich Neuber. Na rozdíl od svého předchůdce Steinera, který přišel do úřadu s průpravou vojenského auditora, byl úzce spjat s měšťanským prostředím Malé Strany a měl zkušenosti z dlouholetého působení v různých institucích městské správy. Vedle provozování mydlářské a voskařské živnosti ve starobylém domě U Splavínů na Malostranském náměstí (čp. 36-III) před rokem 1784 plná dvě desetiletí působil jako člen malostranské městské rady a jejích hospodářských orgánů. Z vlastní zkušenosti znal neuspokojivý stav správy a financí této části pražského čtyřměstí. Nepřekvapuje proto, že při nedávné přípravě edice dokumentů o spojení pražských měst (1784) byl identifikován jako autor jednoho z prvních anonymních návrhů na sjednocení Prahy. Byl ovšem v tomto ohledu mezi představiteli pražských samospráv výjimkou, neboť většina vlivných měšťanů lpěla na tradičním modelu čtyř obcí a spojení odmítala. Neuber svůj návrh předložil císaři Josefu II. v září 1772 a v pozměněné podobě znovu v roce 1783, kdy již o spojení bylo v zásadě rozhodnuto.
Po sjednocení pražských měst byl v dubnu 1784 zvolen magistrátním radou a zasedl v politickém senátu i v jeho tzv. hospodářské konferenci. Po celé dlouhé období prvního Steinerova purkmistrovství (1788–1799) byl jedním ze dvou vicepurkmistrů. Do úřadu purkmistra tedy Jan Jindřich Neuber nastoupil vybaven vskutku bohatými zkušenostmi. Jejich rubem však byl pokročilý věk, který mu dovolil vykonávat funkci hlavy města pouhé jedno funkční období. V roce 1804, po více než čtyřiceti letech působení v městské správě, se vzdal úřadu pro stáří a nemoc a odešel do výslužby.
Doba jeho purkmistrovství byla naplněna nejen starostmi o zásobování města ve válečných podmínkách, ale též neustálou snahou o odvrácení francouzské hrozby. Orgány absolutistické státní moci viděly riziko především v pronikání scestných revolučních idejí mezi nižší vrstvy obyvatelstva. Přestože myšlenky rovnosti a moderní občanské společnosti nenalézaly mezi Pražany nijak zvlášť kladnou odezvu, státní i městské úřady velmi důsledně potíraly každý náznak jejich šíření. 23. září 1799 zakázalo české gubernium z „preventivních“ důvodů dokonce činnost všech veřejných čítáren novin a časopisů i půjčoven knih v Praze. Teprve na druhém místě stálo vojenské ohrožení ze strany napoleonské Francie. K posílení obrany města byla vedle měšťanských ostrostřeleckých sborů znovu zřízena akademická legie studentů univerzity, navazující na tradici obrany Prahy před Švédy roku 1648. Služba měšťanů a studentů ve zbrani byla však pouze symbolická, neboť válečné operace se Čechám vyhnuly.
Patrně jedinou významnější veřejnou investicí v letech Neuberova purkmistrovství byla přestavba místodržitelského letohrádku v Královské oboře v romantickém slohu, po které záhy následovala přeměna samotné obory ve veřejný sad. Praha tak dostala oblíbené místo procházek a výletů, zvané německy Baumgarten a odtud dobovým českým překladem Stromovka.