Po roce 1989 se České
dráhy rozhodly zbavit se části nevyužívaného majetku.
K němu patřila i budova nádraží Vyšehrad, která byly
využívána jen velmi sporadicky. Divize majetkového podnikání
a privatizace ČD několikrát nabídla Vyšehrad k nájmu,
ale marně. Podařilo se to v roce 2000, kdy byla uzavřena
první smlouva. Ke konkrétním krokům se ale ČD a nájemce,
společnost Nádraží, dostaly až v roce 2001. Společnost
chtěla v nádraží vybudovat komorní divadlo a kinosál,
prostory pro výstavy, restauraci a kavárnu. Rekonstrukce měla
trvat dva roky. České dráhy navíc deklarovaly zájem obnovit
stanici nevyužívanou už od konce 60. let minulého
století.
Hned následující rok se
ukázalo, že i bohem zapomenuté nádraží Vyšehrad může najít
své využití pro dopravu. O povodních, kdy se zájem o
dopravu vlakem neuvěřitelně zvedl (až o 30 procent), bylo
nádraží Vyšehrad opět hojně využíváno. V době záplav,
kde byl vlak téměř jediným možným prostředkem ke spojení
mezi oběma břehy Vltavy, projelo Vyšehradem v době
maxima 386 vlaků během 24 hodin. Nicméně se čekalo, že už
v roce 2003 bude z nádraží kulturní centru.
Nestalo se tak, protože České dráhy se začaly dělit na
různé nástupnické organizace a nádraží padlo do klína
Správě železniční dopravní cesty, která se společností
Nádraží už nebyla ochotna smlouvu obnovit. Navíc České
dráhy opět prohlásily, že chtějí stanici na Vyšehradě
obnovit, byť mimo původní nádraží, které leží
v oblouku kolejí a nevyhovuje tak předpisům. O tom se
hovořilo ještě v roce 2005. Nádraží bylo nakonec
prodáno v roce 2007, odhadní cena byla 41 milionů
korun, prodej se uskutečnil za 42 milionů. Praha 2 se svým
návrhem na převedení nádraží na městskou část nepochodila,
stejně jako Společnost Nádraží, která kdysi chtěla objekt
odkoupit, ale bylo jí sděleno, že prodej není možný.