Vinice byla v Troji pravděpodobně již za vlády Václava II., její existenci lze s jistotou doložit nařízením Karla IV. o zakládání vinic, podle něhož byly všechny vhodné jižní svahy do tří mil okolo Prahy povinně osázeny révou. Během následujících století vinice patřila k Trojskému zámku. Na přelomu 19. a 20. století se na ní podepsala nákaza mšičky révokazu a vinice zchátrala. Nějakou dobu zde byl třešňový sad a až v letech 1950-1953 byla vinice obnovena.
V roce 1995 už jako památkově chráněná byla vinice sv. Kláry svěřena do správy botanické zahradě. Od roku 2005 je vinice zpřístupněná celoročně. V září 2009 byla otevřena Expozice výroby vína, kterou tvoří tři na sebe navazující sklepní prostory - střední místnost je vstupní, západní je určena výrobě vína a východní slouží jako sklad vína v lahvích, kde se konají i degustace.
Komentovaná prohlídka s průvodcem trvající hodinu poskytne další informace a zajímavosti, mimo jiné i o odrůdách, které se zde pěstují a jak se hrozny zpracovávají. Na konec je možné také víno z trojské vinice sv. Kláry ochutnat. V ceně komentované prohlídky je degustace dvou vzorků.