Zmínku o této krásné stavbě najdete již v roce 1555, kdy maltézský velkopřevor předává pozemek na břehu Vltavy Jiříkovi Velikovi ze Šonova. Tehdy zde stály dva domy, oba zanikly za třicetileté války. Generál Kaiserštejn na zahradě, která jediná válku přežila, postavil v roce 1684 jednopatrové barokní vodní palazzetto na neobvyklém šestibokém nepravidelném půdorysu okolo dvora a s ochozem v patře. Stavbu obklopovala zahrada s bohatými květinovými záhony a vodotrysky. Palác patrně projektoval slavný architekt Giovanni B. Alliprandi.
Lichtenštejni a mlynář Odkolek
V 18. století změnil palác několikrát majitele, patřil i rodu Kolovratů, kteří ho později, v roce 1831, prodali generálovi Janu Josefovi knížeti z Lichtenštejna. Jméno Lichtenštejnů nese palác dodnes, ačkoliv jeho současná klasicistní podoba pochází z doby, kdy ho vlastnil mlynář František Odkolek. V interiérech se ale dochovaly i barokní prvky.
Ničivé povodně
Od roku 1897 patřil palác Obci pražské, která ho využívala k různým úředním účelům, přičemž provedla řadu úprav. Poslední přišly již v tomto tisíciletí, kdy ničivé povodně v roce 2002 palác naprosto zdevastovaly.
Podívejte se, kde spala královna
V současné době využívá Lichtenštejnský palác česká vláda k reprezentačním účelům. Přízemní sály a salonky slouží k pracovním a přátelským setkáním. V jeho apartmánech pobývali při návštěvě Prahy například španělský král Juan Carlos s chotí Sofií, britská královna Alžběta II. či japonský císař Akihito s císařovnou Mičiko. Jednou do měsíce je palác otevřen veřejnosti.