Stánky se už na své místo nevrátí, stejně jako ty, které vytěsňuje rekonstrukce z haly. Stánky s občerstvením totiž vznikly v průběhu posledních 20 let a v koncepci nového nádraží se s nimi nepočítá. Navíc ustoupí také kvůli opravě fasády celé haly. Cestující ale o občerstvení nepřijdou, nahradí je nově vzniklé obchody, kavárny a restaurace, které budou už součástí nové architektury nádraží.

Rekonstrukce budovy Hlavního nádraží
Začala v roce 2007 a potrvá pět let. Italská firma Grandi Stazioni postupně investuje spolu se Správou železniční dopravní cesty a dalšími organizacemi do rekonstrukce haly a nádraží kolem pěti miliard korun. Stavbu zajišťuje konsorcium firem Metrostav, Skanska a Stavby silnic a železnic,. Ty se podílejí i na budování Nového železničního spojení, které má na konci roku usnadnit průjezd vlaků městem. Na financování stavby přispějí zřejmě i evropské fondy, neboť Hlavní nádraží leží na evropské železniční síti TEN-T.
Zároveň s úpravami haly a prostorů před ní pokračuje rekonstrukce prvních čtyř nástupišť z roku 1911, která bude stát 1,6 miliardy korun. Proto také vlaky odjíždějí z dalších tří nástupišt, která vznikla v pozdějších letech a jsou v dobrém stavu. Úprava má skončil letos v prosinci. Po rekonstrukci se bude lidem lépe nastupovat do vlaků, protože nástupiště bude zvýšeno na úroveň podlahy vagonů.

Rekonstrukce samozřejmě nepřispěla ke komfortu cestování, občas jsou některé části nádraží zcela zaplněny cestujícími. Ke zmatkům přispělo i stěhování části pokladen do prostor ukládacích skříněk v suterénu. Rekonstrukci paradoxně uvítali bezdomovci, kteří momentálně těží z toho, že díky stavbě vznikla různá zákoutí, kde se mohou ukrýt. Nicméně je to jejich labutí píseň. Po rekonstrukci bude nádraží hlídáno kamerovým systémem a bezpečnostní službou.

Postupně se kvůli rekonstrukci mění i jízdní řád, některé vlaky totiž končí ve Vršovicích, na Masarykově nádraží či na Smíchově. Nový jízdní řád chystaný na květen bude proto plný výrazných změn.