Všechny zde uvedené metodické pokyny, návody a instrukce se týkají administrace jednotlivých částí, aspektů či příloh projektových žádostí v různých fázích jejich životního cyklu. Některé ze zde uvedených pokynů mohou být též součástí, resp. přílohou jíných dokumentů, jako např. Příručky pro žadatele nebo Příručky pro příjemce.

 Metodické pokyny pro JPD 2
Metodická příručka Způsobilé výdaje - platná od 24. 10. 2005
Nová verze metodické příručky pro Způsobilé výdaje, která je platná pro další (v pořadí 4. a následující) výzvy k předkládání projektů, tj. nikoli pro výzvy již proběhlé.
Pomůcka pro vyplňování formuláře ISPROFIN
Tato pomůcka představuje konečný návod pro vyplňování formulářů ISPROFIN a je určena pro žadatele, kterým má usnadnit a zejména ujasnit vyplňování tohoto formuláře v rámci strukturálních fondů. Tento metodický návod pro vyplňování formulářů ISPROFIN byl vypracován MMR a Centrem pro regionální rozvoj ČR a je platná od 1. 1. 2006.
Smlouva s autorizovaným auditorem
Tato metodika obsahuje podmínky auditu, které musí splnit všechny projekty předkládané do JPD 2, jejichž celkové náklady přesahují 3 mil. EUR. Tuto metodiku vypracoval Řídící orgán JPD 2, tj. Ministerstvo pro místní rozvoj k 1. 2. 2006.