Dne 17. dubna 1839 byl v úřadě purkmistra potvrzen Josef Müller (1792-1862). Nepocházel z pražských měšťanských kruhů, narodil se v St. Georgenthalu u Rumburka (dnešním Jiřetíně pod Jedlovou). Do pražského magistrátu však nastoupil hned po ukončení právnických studií na Karlo-Ferdinandově univerzitě (1817) a prošel zde celým služebním postupem od praktikanta po magistrátního radu. Roku 1836 magistrát dočasně opustil, neboť povýšil do funkce rady u pražského apelačního soudu. Po necelých třech letech se však vrátil a stanul v čele městské správy.

Obdobně jako jeho předchůdci Steiner nebo Sporschil byl i Müller schopným administrátorem. Ani jeho proto neminuly nejvyšší služební pocty v podobě rytířského řádu císaře Leopolda a povýšení do šlechtického stavu s predikátem „z Jiřetína“ (1845). Müllerovo purkmistrovské působení začalo necitlivou demolicí východního křidla Staroměstské radnice a jeho nahrazením novogotickou budovou podle plánů P. Nobileho a P. Sprengera (byla zničena za bojů 8. května 1945). Přes protesty veřejnosti tato akce proběhla v letech 1839-1848. Stavba řetězového mostu císaře Františka I. mezi roky 1839–1841 (na místě dnešního mostu Legií) byla naproti tomu obecně vítaným modernizačním krokem; druhý pražský most ulehčil Karlovu mostu a podstatně zlepšil spojení mezi oběma břehy. Bezprostředně nato (1841–1845) vzniklo též módní promenádní nábřeží císaře Františka I. (dnešní Smetanovo) s novogotickým monumentem absolutistického monarchy. V Karlíně vyrostla první pražská plynárna a od 15. září 1847 se rozzářilo plynovým osvětlením Staroměstské náměstí i hlavní městské třídy. Největší význam však měla stavba státní parní železnice Praha – Olomouc, která dorazila k branám metropole v létě 1844. Provoz na ní byl zahájen 20. srpna 1845 slavnostním příjezdem a vysvěcením prvního vlaku na novém nádraží v Hybernské ulici.

Purkmistr Müller se jako představitel státní moci musel vypořádat s nepokoji dělníků na stavbách silnic a železnic v předpolí Prahy a rovněž se stávkami a bouřemi dělníků pražských kartounek proti propouštění a zavádění strojů. Propukly hromadně na jaře 1843 a opakovaly se až do léta 1848. Magistrát se jim pokoušel čelit nejen rozháněním, zatýkáním a střelbou (jako v červenci 1844 před Poříčskou branou), ale také např. zřízením první zprostředkovatelny práce v Týnském dvoře v lednu 1847.

Problémem se stalo rovněž rychle sílící české obrozenecké hnutí, které od vlasteneckých divadel a bálů dospělo 25. září 1845 k petici Pražanů požadující zavedení češtiny jako vyučovacího jazyka a 31. ledna 1846 k otevření vlivné české Měšťanské besedy. Státní orgány viděly nebezpečí především v šíření moderních liberálních i radikálně demokratických idejí, jež zachvacovaly stále širší okruh pražského měšťanstva a vzdor cenzuře pronikaly na stránky zdejšího českého i německého tisku. Jejich šiřitelem se od sklonku roku 1844 stal především tajný česko-německy politický klub Repeal. Právě představitele Repealu svolali po zprávách o revoluci v Paříži a ve Vídni na 11. březen 1848 proslulou schůzi do Svatováclavských lázní, na které vznikla petice k císaři s demokratickými požadavky, a byl ustaven tzv. Svatováclavský výbor. Po druhé schůzi tohoto nepovoleného výboru přímo na Staroměstské radnici se purkmistr pokusil o protiakci. Svolal shromáždění konzervativních německých měšťanů a usiloval o zaslání loajální vzdoropetice císaři. Když jeho pokus 14. března ztroskotal, provedl politický obrat, na studentské schůzi v Karolinu se přihlásil k myšlence konstituce a snažil se dosáhnout kooptace do Svatováclavského výboru.

Josef rytíř Müller z Jiřetína byl však pro radikály i liberály zosobněním dosavadního státně byrokratického systému. Když byly na 29. březen 1848 vypsány volby do nového pražského městského výboru, nezbylo mu než ze své doživotní purkmistrovské funkce abdikovat. Po porážce revoluce a dočasném obnovení absolutistického pořádku dosloužil svá úřední léta jako apelační a dvorní rada u soudů v Brně a u nejvyššího soudu ve Vídni.