Dne 24. února 1939 rozpustil prezident zemské správy politické J. Sobotka ústřední zastupitelstvo hlavního města Prahy, zvolené v obecních volbách v květnu 1938, a současně i místní výbory ve všech pražských obvodech. Na místo těchto volených samosprávných orgánů jmenoval šedesátičlennou správní komisi hlavního města Prahy a pro jednotlivé obvody vládní komisaře. Správa metropole okleštěného pomnichovského Česko-Slovenska tak byla zbavena prvků „prohnilé a neživotaschopné“ demokracie a přizpůsobena novému modelu centralizované autoritativní státní moci, ovlivněnému vzorem totalitních režimů v Německu a v Itálii.
Předsedou správní komise hlavního města s právem užívat titulu primátor se stal JUDr. Otakar Klapka (27. dubna 1891-4. října 1941). V jeho osobě byl do čela Prahy postaven velmi zkušený odborník v oblasti veřejné správy a státní administrativy, který měl všechny kvalifikační předpoklady pro zastávání funkce hlavy města v nových politickosprávních poměrech. Byl zkušeným právníkem, absolventem nejen Karlovy univerzity, ale též pařížské Sorbonny, autorem odborných spisů o samosprávě a o obecním zřízení a rovněž dlouholetým výkonným úředníkem v řadě ministerstev a státních orgánů.
Primátor O. Klapka však nesplňoval podmínku nepolitičnosti a nadpolitičnosti, jak by se očekávalo u představitele orgánu, jenž byl „úřednickou vládou“ metropole, ani nebyl stoupencem konzervativních či autoritativních vládních koncepcí. Celým svým dosavadním působením byl naopak spjat s předchozím masarykovsko-benešovským demokratickým modelem státu a byl znám jako rozhodný stoupenec politiky Hradu. Stejně jako jeho předchůdci v primátorské funkci K. Baxa a P. Zenkl patřil k angažovaným čelným představitelům národně socialistické strany, byl ve dvou volebních obdobích jejím poslancem v Národním shromáždění a v kritickém období po přijetí Mnichovské dohody vytvořil spolu s P. Zenklem, J. Šaldou a F. Langerem její nové nejvyšší vedení.
Pozice O. Klapky v čele hlavního města byla velmi složitá, zejména po okupaci zbytku republiky a vytvoření Protektorátu Čechy a Morava. Hned 15. března 1939 byl jeho stálým náměstkem jmenován představitel pražských Němců a přesvědčený nacista prof. dr. Josef Pfitzner. Jeho pravomoci byly velmi rozsáhlé a rovnaly se prakticky právu veta na všechna rozhodnutí primátora. K němu měl od počátku velmi negativní vztah a v důvěrných politických relacích, které pravidelně podával říšskému protektorovi, jen výjimečně opomněl kritická hodnocení českého vedení radnice a ostré výpady proti primátorově osobě. Přesto O. Klapka od prvních dnů okupace omezil projevy loajality k nové okupační moci na nezbytné minimum a zahájil naopak vyhraněně vlastenecký kurs radniční politiky s cílem vymanit český národ z deprese a demonstrovat při každé příležitosti jeho nacionální svébytnost i tisíciletou historickou tradici. Jedním z vrcholů tohoto počínání byl demonstrativní převoz ostatků básníka K. H. Máchy z odtržených Litoměřic na Vyšehradský hřbitov na počátku května 1939. Radnice nejen zajistila a organizovala převoz i pietní akty, ale primátor osobně kráčel v čele mohutného průvodu při cestě ostatků Prahou.
O. Klapka se svými spolupracovníky však nadto organizoval přímo na radnici ilegální protinacistický odboj, napojený na vojenskou organizaci Obrana národa. Udržoval v tomto směru úzkou součinnost s předsedou protektorátní vlády ing. A. Eliášem. Činnost odbojové skupiny Magistrát však nezůstala utajena německým orgánům a primátor Klapka byl bedlivě sledován nejen svým náměstkem Pfitznerem, ale též gestapem, které se o jeho zapojení do ilegální činnosti dozvědělo z výslechů zadržených odbojářů. Po opakovaných „policejních výstrahách“ a důtkách byl 9. července 1940 zatčen jako jeden z prvních vysokých představitelů české protektorátní správy. Po dlouhých výsleších v Praze, v Drážďanech a v Berlíně, které měly především usvědčit protektorátního premiéra A. Eliáše, zasáhl do jeho osudu nový zastupující říšský protektor R. Heydrich. Na jeho příkaz byl dne 2. října 1941 zahájen soudní proces před německým Lidovým soudem, který výjimečně zasedl v Praze. Po několika hodinách soudní řízení skončilo již předem určeným rozsudkem smrti. Dne 4. října 1941 byl O. Klapka zastřelen popravčí četou SS v ruzyňských kasárnách.